Ο άγιος Γρηγόριος ο Καλλίδης γεννήθηκε στις 24 Ιανουαρίου 1844 στο Κούμβαο της επαρχίας Ηρακλείας της Ανατολικής Θράκης. Από μικρός έδειξε κλίση προς την ιεροσύνη και έτσι προσλήφθηκε στην υπηρεσία του Μητροπολίτη Σηλυβρίας και μετά Σερρών Μελετίου Θεοφιλίδη του Θεσσαλονικέα, από τον οποίο έλαβε τον πρώτο βαθμό της ιεροσύνης στις 26 Φεβρουαρίου 1862. Μαθήτευσε με επιμέλεια στα λαμπρά εκπαιδευτήρια των Σερρών και ολοκλήρωσε τις σπουδές του στην Ριζάρειο Σχολή και στην Θεολογική Σχολή του Εθνικού Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών.
Στην Αθήνα ο Μητροπολίτης Θεόφιλος Βλαχοπαπαδόπουλος τον προχείρισε σε Αρχιδιάκονό του, εκτιμώντας την προσωπικότητα και τα σπάνια προσόντα του.
Κατά το έτος 1873 βρίσκουμε τον Γρηγόριο σχολάρχη στην Ραιδεστό, το 1874 πρωτοσύγκελλο και ιεροκήρυκα του Μητροπολίτη Ηρακλείας Πανάρετου, μέχρι να λάβει τον τρίτο βαθμό της ιεροσύνης, χειροτονούμενος βοηθός Επίσκοπος του Μητροπολίτη Ηρακλείας στις 24 Μαρτίου 1875, με τον τίτλο Ναζιανζού.
Στους χρόνους της βουλγαρικής εξαρχίας, απεστάλη από το Πατριαρχείο στην Ανδριανούπολη ως έξαρχος, μετά τις εκεί βιαιότητες κατά του Μητροπολίτη Διονυσίου του Ε’, του μετέπειτα Οικουμενικού Πατριάρχη, για να τον εκπροσωπήσει μια και αυτός θα απουσίαζε νοσηλευόμενος στην Κωνσταντινούπολη.
Μετά από τρίμηνη παραμονή στην Ανδριανούπολη, εξελέγη στις 12 Μαΐου 1879 Μητροπολίτης Τραπεζούντας από τον Πατριάρχη Ιωακείμ τον Γ’ τον μεγαλοπρεπή κατά την πρώτη πατριαρχεία του. Την επαρχία της Τραπεζούντας ο Γρηγόριος Καλλίδης ποίμανε για πέντε χρόνια και αναδείχθηκε άξιος διάδοχος των αειμνήστων προκατόχων του, που λάμπρυναν τον μητροπολιτικό αυτόν θρόνο των Κομνηνών και της Τραπεζούντας.
Τον Δεκέμβριο του 1884 ο Γρηγόριος εξελέγη Αρχιεπίσκοπος Θεσσαλονίκης. Η ενθρόνισή του πραγματοποιήθηκε στις 20 Μαρτίου 1885 μέσα σε κλίμα ενθουσιασμού.
Κατά την περίοδο της αρχιερατείας του Γρηγορίου Καλλίδη, βρισκόταν σε κορύφωση το κοινοτικό ζήτημα της Θεσσαλονίκης, με έντονες διενέξεις που είχαν να κάνουν με την εκλογή των τοπικών αρχόντων της πόλης. Εκείνη την εποχή άρχισαν να αποδυναμώνονται οι εύποροι συντεχνίτες που διεκδικούσαν μια αδιαφιλονίκητη εκλογή στην δημογεροντία και την αντιπροσωπεία της κοινότητας. Τα ισχυρά μέλη των κοινοτικών οργάνων της περιοχής ήταν έμποροι, κτηματίες, δικηγόροι και γιατροί. Οι ηγέτες του συντεχνιακού κόσμου ζητούσαν επίμονα να αλλάξουν τους όρους του εκλογικού παιχνιδιού, που πλέον δεν τους ευνοούσε. Ξέσπασαν έτσι οι γνωστές διαμάχες της δεκαετίας του 1880 που κατέληξαν στην μετάθεση του Μητροπολίτη Γρηγορίου Καλλίδη. Ωστόσο, οι κοινοτικές διενέξεις που είχαν ξεκινήσει πολύ πριν από την περίοδο της αρχιερατείας του Γρηγορίου, αλλά διήρκησαν και αρκετά μετά, έγιναν αιτία να μετατεθούν ακόμη δύο Μητροπολίτες, ο Καλλίνικος Φωτιάδης και ο Αθανάσιος Μεγακλής.
Οι Στ. Ιωαννίδης, Δ. Βλάτσης και Κ. Σφήκας ήταν οι εκπρόσωποι των συντεχνιών, των ασθενέστερων πλέον τάξεων της πόλης, που υποστήριξε ο Μητροπολίτης Γρηγόριος, με αποτέλεσμα να συκοφαντηθεί στο Οικουμενικό Πατριαρχείο και να κυκλοφορήσει το 1888 από τις αντίπαλες μερίδες, ανώνυμος λίβελος ανόσιας κατηγορίας κατά του Μητροπολίτη Γρηγορίου, λίγο πριν από την δίκη που θα γινόταν στην Κωνσταντινούπολη για να διαλευκάνει την υπόθεση. Στις 29 Απριλίου 1889 το Οικουμενικό Πατριαρχείο αθώωσε πανηγυρικά τον ανεξίκακο Μητροπολίτη Γρηγόριο. Οι κατήγοροί του δεν προσήλθαν καθόλου στην δίκη.
Μετά την αθώωσή του, ο Μητροπολίτης Γρηγόριος δικαιωμένος παραμένει στην Κωνσταντινούπολη, μην θέλοντας να επιστρέψει στην Θεσσαλονίκη και παραιτούμενος θέτει τον εαυτό του στην διάθεση της Μεγάλης Εκκλησίας, οπότε και εκλέγεται Μητροπολίτης Ιωαννίνων στις 28 Σεπτεμβρίου 1889.
Στις 22 Μαΐου 1902 ο Πατριάρχης Ιωακείμ ο Γ’ προβίβασε τον Γρηγόριο στην γεροντική Μητρόπολη Ηρακλείας και Ραιδεστού.
Κατά τον χαλασμό του 1922, που ξερίζωσε τον προαιώνιο ελληνισμό της Μικράς Ασίας και της Ανατολικής Θράκης από τις πατρογονικές εστίες του, ο Μητροπολίτης Γρηγόριος με την προσφυγική ράβδο, σαν άλλος Μωυσής, μεγαλόψυχος παρήγορος του εκτοπιζόμενου ποιμνίου του, τους οδήγησε με ασφάλεια στην Ελλάδα.
Τα τελευταία χρόνια της ζωής του τα πέρασε στην Θεσσαλονίκη σχολάζων, χωρίς να θελήσει να αναλάβει νέα Μητρόπολη.
Στις 12 Απριλίου (Κυριακή των Βαίων) 1925 ο Μητροπολίτης Θεσσαλονίκης Γεννάδιος Αλεξιάδης και η κοινότητα της Θεσσαλονίκης τίμησαν τον Μητροπολίτη Γρηγόριο με αφορμή την συμπλήρωση πενήντα ετών θεοφιλούς και εθνωφελούς αρχιερατείας. Μετά από πανηγυρική θεία Λειτουργία ακολούθησε μια σεμνή τελετή στον ναό του αγίου Γρηγορίου του Παλαμά, παρουσία του Οικουμενικού Πατριάρχη Κωνσταντίνου, Μητροπολιτών του Οικουμενικού Πατριαρχείου και της Εκκλησίας της Ελλάδος, εκπροσώπων του αγίου Όρους και του ελληνικού κράτους, στρατιωτικών και τοπικών αρχόντων.
Το περιοδικό «Γρηγόριος ο Παλαμάς» αφιέρωσε τον 9ο τόμο του (1925) στον Μητροπολίτη Γρηγόριο Καλλίδη με αφορμή την συμπλήρωση του Ιωβηλαίου της αρχιερατείας του.
Ο Γρηγόριος, Αρχιεπίσκοπος Ηρακλείας και Ραιδεστού, μετά από σύντομη ασθένεια, άφησε την τελευταία του πνοή τα μεσάνυχτα της Πέμπτης 23 Ιουλίου 1925. Η εξόδιος ακολουθία του έγινε με περισσή μεγαλοπρέπεια στον Ιερό Ναό της του Θεού Σοφίας Θεσσαλονίκης. Η σορός του με πομπή κατέληξε στο νεκροταφείο της Ευαγγελίστριας, όπου κηδεύτηκε δημοσία δαπάνη.
Στις 20 Οκτωβρίου 1979 ο Μητροπολίτης Θεσσαλονίκης Παντελεήμων ο Β’ έκανε την ανακομιδή των ιερών λειψάνων του, τα οποία βρέθηκαν να ευωδιάζουν και να επιτελούν από τότε πλήθος θαυμάτων.
Μετά από ενέργειες του Μητροπολίτη Παντελεήμονος του Β’ στην Ιερά Σύνοδο της Εκκλησίας της Ελλάδος και το Οικουμενικό Πατριαρχείο, έγινε με Πατριαρχική και Συνοδική Πράξη στις 22 Μαΐου 2003 η επίσημη κατάταξη του αγίου Γρηγορίου στο αγιολόγιο της κατά Ανατολάς Ορθοδόξου Εκκλησίας και ορίστηκε ημέρα μνήμης του η 25η Ιουλίου (ημέρα κοίμησής του) και η 20η Οκτωβρίου (επέτειος της ανακομιδής των λειψάνων του) ως δεύτερη εορτή του.
Την Πατριαρχική και Συνοδική Πράξη κόμισε ο ίδιος ο Οικουμενικός Πατριάρχης κ. Βαρθολομαίος, ο οποίος προέστη και στην Ακολουθία – Δοξολογία της κατάταξης του αγίου Γρηγορίου στο αγιολόγιο της Εκκλησίας μας, στον Ιερό Ναό του Αγίου Δημητρίου στις 29 Μαΐου 2003.